嬰幼兒體質柔弱，正處在生長發育時期，因此腹瀉對嬰幼兒的危害很大。
腹瀉除影響嬰幼兒對食物中營養物質的吸收外，還消耗體內儲存的營養物質，損害某些機體組織。
這是因為在腹瀉過程中，本來應該消化吸收的營養物質不能進入機體，但機體內各器官還需照常進行各項生理功能。
如長期慢性腹瀉就會造成營養不良，使患兒身體瘦弱，抵抗力降低，容易感染各種疾病。
這不僅影響嬰幼兒的正常生長發育，還會引起並發症。
常見的並發症有：
(1) 營養不良及維生素缺乏症：腹瀉病程較長，如禁食時間過久或長期熱量不足，常可引起營養不良和各種維生素缺乏症。
消化不良與營養不良可互為因果，往往造成惡性循環，導致不良後果。
維生素A缺乏可引起幹眼症及角膜軟化症；維生素D缺乏可引起手足抽搐症。
(2)感染：常見有中耳炎、口角炎、上呼吸道感染、支氣管炎、肺炎、癤腫、敗血症、泌尿道感染及靜脈炎等。
各種感染可能成為腹瀉的病因，但也有在腹瀉之後，由於全身抵抗力降低而繼發感染。
遷延性腹瀉或原有營養不良病兒，容易並發真菌感染，如鵝口瘡、真菌性腸炎，甚至引起全身性真菌病。
(3)中毒性肝炎：重型腹瀉可能出現黃疸，常見於營養不良及重症敗血症病兒，預後不良，故中毒性肝炎是腹瀉的嚴重並發症之一。
(4)其他：如急性腎功能衰竭、彌漫性血管內凝血、感染性休克、中毒性腦病等，如處理不當還可發生急性心力衰竭、高血鉀、中毒性腸麻痹、腸出血、腸套疊等，偶可見腸穿孔和腹膜炎。
嬰幼兒腹瀉的預後與病兒的體質、病因、治療時機和治療方法有關。
(1)體質因素：體質衰弱(重症營養不良和佝僂病)的病兒，由於機體代謝調節功能較差，抵抗力低下，容易發生各種並發症，使腹瀉遷延不愈，預後較差。
新生兒、早產兒病情易於迅速惡化，預後也較差。
(2)病因：耐藥性致病性大腸桿菌或其他耐藥細菌感染預後較差，繼發二重感染者如真菌、金黃色葡萄球菌感染等預後也差。
(3)治療時機：輕型腹瀉若未及時治療，導致病情嚴重，遷延日久，預後較差。
(4)治療不當：未進行調整和適當限制飲食，減少胃腸道負擔；未及時控制腸道內外感染以及糾正水與電解質紊亂和加強護理，導致各種並發症發生，影響預後。
此外，濫用廣譜抗生素，引起菌群失調和二重感染，可加重消化功能紊亂，如不及時停藥，遷延不愈者預後差。